プリプロセッサマクロのコマンドライン指定

xcodebuild に "GCC_PREPROCESSOR_DEFINITIONS=hoge1 hode2=true"
の形式で渡す。
Xcode の Build Phases の Run Script で sh なら、

xcodebuild -configuration Release -target MyApp -sdk iphoneos \ 
"GCC_PREPROCESSOR_DEFINITIONS=\${inherited} $PREPOPTION"

${inherited} は Xcode のプロジェクトやターゲットの設定を引き継ぐ事を指定する。